יש להפריד את סוג מסד הנתונים במקרה הזה MYSQL מאופן ההתחברות וההתקשרות איתו
יש היום אנשים שהיו אומרים שזה מיושן לעבוד עם הפונקציה mysql_query() כאשר קיימת mysqli_* שנותנות הרבה יותר אופציות ותומכות בפונקציות חדשות
ויש כאלה שילכו קדימה ויגידו שהם משתמשים ב PDO או כל DATABASE ABSTRACTION LAYER אחר או איזושהי מחלקה לניהול הדטאבייס
בגדול בשורה התחתונה אין הבדל ממשי והכל תלוי בסדר גודל של הפרויקט שלך... לפרויקט קטן לא הייתי פוסל שימוש בmysql_query()
בהצלחה