אני לא חושב שהכמה עשרות KB שלאחר מכן ישמרו בקאש הן מה שיפריעו לתעבורה שלך.
בכל מקרה, אתה יכול לקמפק את ה JS ואז לדחוס את זה עם GZIP.
מקמפק טוב ל JS זה:
http://yuilibrary.com/downloads/#yuicompressor
והסבר איך לגרום לשרת לשלוח קבצי JS לדפדפן דחוסים ב GZIP:
http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_deflate.html