[אדיר]

מבנה התיקיות זה נושא שולי - זה יתן לך סדר וארגון, לא יותר (לא שזה לא חשוב כמובן, אבל זה לא מה שאתה צריך להתמקד בו כרגע).
תלמד על פיתוח מונחה עצמים, תקרא על עקרונות כמו SOLID, KISS ו- DRY, תחקור על Design Patterns נפוצים ו- Best Practices.

ובעניין ה- MVC - זה רק יעזור לך.
אם אתה לא אוהב "אותם" זה כנראה כי לא ממש הבנת את הרעיון (ואני מניח את זה על פי ההגדרה שלך - "אותם").
MVC זאת לא קבוצה, אין כאן "אותם" - MVC זה רעיון, זה Design Pattern.
תלמד לעבוד עם Framework כלשהו, כמו Laravel לדוג' - הוא מצויין לרוב השימושים הנפוצים.

בהצלחה.