למה ליצור את התיקיות האלה ולא לעשות את זה דינאמי? אתה באמת יוצר שם את הקבצים?
ואם אתה עושה שאם נכנסים נגיד עם עוד פרמטר, נגיד domain.com/files/randomnum/randomdir/
hit/filename.rar בכתובת אז זה יפנה לעמוד PHP שיוסיף +1 לקאונטר, ואז יעביר אל domain.com/files/randomnum/randomdir/filename.rar זה לא תופס?
אני לא חושב שקיימת דרך להריץ דברים דרך htaccess, אולי אפשר להגדיר איזה סקריפט shell שאומר שכל קובץ שמבקשים מתיקיה מסויימת מריץ פקודה מסויימת (שקוראת לקובץ PHP שמעדכן את הקאונטר), אבל בשביל זה תצטרך למצוא מישהו שמבין בלינוקס מספיק טוב
המלצה שלי - תשאל את זה ב-
http://stackoverflow.com (ואם תקבל תשובה יהיה נחמד לדעת מה היא)