[zoharesh]

בעיקרון אם אתה רואה את תוכן הקובץ (php) במקום את התוצר המגומר שאמור להיות סימן ש-php לא רץ כמו שצריך.
מהצצה בקובץ הראשון שאליו קישרת, לא טענת את mod_fcgid (למרות שיכול להיות שהוא נטען באחד מקבצי הקונפיגורציה האחרים שלך).

ולגבי הקובץ השני לא ברור לי למה אתה צריך אותו כשיש לך בקובץ הראשון את זה:

<VirtualHost *:80>
ServerName pma.site1.com
ServerAdmin info@site1.com
DocumentRoot /var/www/phpmyadmin/web

<IfModule mod_fcgid.c>
SuexecUserGroup phpmyadmin phpmyadmin
PHP_Fix_Pathinfo_Enable 1
<Directory /var/www/phpmyadmin/web>
DirectoryIndex index.php
Options +ExecCGI +FollowSymLinks
AllowOverride All
AddHandler fcgid-script .php
FCGIWrapper /var/www/php-fcgi-scripts/phpmyadmin/php-fcgi-starter .php
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
</IfModule>

# ErrorLog /var/log/apache2/error.log
# CustomLog /var/log/apache2/access.log combined
ServerSignature Off

</VirtualHost>

בכל אופן, אני מציע לך לעשות שימוש בmod_ruid2 + mod_php.
ולמען הסדר הטוב, עדיף לך להגדיר לכל דומיין / משתמש קובץ קונפיגורציה משלו ולאנקלד אותו בקובץ הראשי.