[sheeze]

מאד תלוי איך כתבת את הסקיפט שלך.
הוא מתחיל ב- #!/usr/bash?
אם כן, כל פעם שאתה מריץ את הסקריפט הוא יוצר shell חדש.
אני לא זוכר כבר בדיוק ואין לי פה יוניקס לבדוק את זה אבל אם אתה כותב בסינטקס של BASH וגם עובד ב-BASH אתה לא חייב לכתוב את החלק העליון (#!/usr/bash). זה אמור לפתור את הבעיה.

alias לא קשור לעסק בכלל. זה לתת שמות שונים לפקודות קיימות.
הרצת סקריפט עם source מייבאת את משתני הסביבה ל-shell החדש שנוצר. אם אני לא טועה זה עובד גם רק עם csh למיניו.