[Guy]

ברגע שעברת את כמות החיבורים המותרת נוצר תור ולכן האיטיות.
כמובן שכדאי שתוודא שה CPU בזמן הזה לא תקוע גבוה כי זו יכולה להיות בעיה אחרת.

לגבי שינוי כמות החיבורים, הרץ בתוך mysql

show variables like "max_connections";

כדי לראות מה מוגדר ו

set global max_connections = XXX;

עם כמות חיבורים שאתה רוצה במקום XXX.
אל תעלה ביותר מידי כדי למנוע אפשרות של התקפת DoS.