[Haimz]

זה לא משהו שניסיתי :X
אבל פתח תיקייה, תבצע חיבור למסד בPHP
תעלה את הקובץ של הSQL לאותה התקייה (נגיד שקוראים לו sql.txt)
ותריץ את הקוד הזה:

<?php
$sql = file_get_contents("sql.txt");
mysql_query($sql, $link);

?>

עריכה:
אם אתה רוצה אתה יכול פשוט לבנות משהו, שלוקח את כמות התווים, מוריד הערות מחלק אותו בכמות מוגבלת (עד 1000 תווים)
ומריץ X שאילתות בהתאם לכמות תווים (ככה שלא תווצר שאילתה עם 2130123 תווים) ואפילו להגדיר קצת זמן בין כל שאילתה (לעבוד לפי GETים..)

זה סתם משהו שעלה לי בראש, בהצלחה