[syn]

הסתדרתי בסוף. אלה ההגדרות שהייתי צריך:

<VirtualHost 123.123.123.1:80>
DocumentRoot /var/www/site1
ServerName site1.com
ServerAlias *.site1.com
</VirtualHost>

<VirtualHost 123.123.123.1:80>
DocumentRoot /var/www/site2
ServerName site2.com
ServerAlias *.site2.com
</VirtualHost>

(IP במקום *)